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监督检查的内容包括船舶检验机构资质条件保持情况、质量管理体系或管理制度运行情况等10项。在检查结束后三个工作日内需将观察项、一般不符合项、严重不符合项录入船舶检验管理信息系统，并将不符合项和有关管理意见建议以书面形式通报省级船舶检验主管部门。存在严重不符合项的，还应当报告中国海事局。船舶检验机构应当对检查发现的不符合项进行原因分析并纠正，采取措施防止类似不符合项再次发生。对于一般不符合项纠正期限一般不超过一个月，严重不符合项纠正期限一般不超过三个月。

外国验船公司所在地直属海事局应当每年对外国验船公司开展一次年度监督检查，本年度已开展或拟开展资质许可或复核的，当年度可以不开展年度监督检查工作。主要抽查船舶检验机构许可条件保持情况；质量管理体系运行情况；检验活动与相关国际公约、规范的符合性情况等7项内容。

渔船建造检验监督以及未设置直属海事局的船舶建造检验监督，以对船舶检验机构开展年度监督检查时现场验证的方式实施。主要对船舶检验项目的完整性、船舶法定检验技术规范的执行情况等6项内容进行抽查，建造船舶检验监督比例至少达到年度辖区新造船舶完工数量的10%或不少于70艘次。客船、危险品船、砂石船、易流态化固体散装货物运输船；存在重大建造质量缺陷、非法改装改建、不按图施工等问题记录的船舶建造企业建造的船舶；三年内因船舶检验质量问题被中国海事局处理过的船舶检验机构检验的船舶；三年内在事故调查中被认定存在检验责任的船舶检验机构检验的船舶应作为建造检验监督抽查重点。

亭亭导航国内船舶检验机构的日常监督由船舶检验机构所在地直属海事局负责，年度监督检查由所在地直属海事局实施；所在地无直属海事局的，日常监督和年度监督检查由负责船舶检验区域协调的直属海事局负责。

渔船营运检验监督以及未设置直属海事局的船舶营运检验监督，以对船舶检验机构开展年度监督检查时现场验证的方式实施。营运检验监督抽查比例至少达到年度船舶安全检查艘次的10%。客船、危险品船、砂石船、易流态化固体散装货物运输船；近三年内被中国海事局通报批评、警告或者限期整改处理的船舶检验机构检验的船舶作为抽查重点。船舶检验证书是否完整，或证书记载内容是否与实船相符或是否符合有关法规要求；船舶检验证书签署或者展期是否明显违反法规规定或者明显为越权签发等6项作为重点抽查内容。